精度管理には、各施設内で自らの精度を確認する内部精度管理と、外部機関によって他の施設の検査結果と比較して信頼性を確認する外部精度管理の2系統が必要とされています。
施設内で診断を担当する各医師が、同じ管理画像を診断して一致を確認したり、検査機器で同じ検体を繰り返し測定して測定結果の再現性を調べたり、あらかじめ定められた目標値との一致性を確認することで再現性と正確性を自己評価するものです。
外部の運営機関から各施設へ同一の画像や検体を配布し、その検査結果を集計し評価することで、参加施設の中での個々の施設の技術水準や検査精度を評価するものです。
この結果は全国の約400の参加施設を1つの集団（総合健診施設の集団）として評価し、全国の病院など他の集団の評価と比較することも可能にしています。
日本総合健診医学会では、精度管理委員会を設置し、外部精度管理による個々の健診施設の評価を行うと共に、総合健診施設全体として優れた技術と精度をもつ集団であり続けるよう日々努力しています。そして、優良認定委員会が健診施設の総合的な評価を行い、優良施設の認定に当たっています。
