総合健診システムにより効率的な健診が可能になりましたが、大勢の健診者と症状がある外来の患者が入り乱れている状況は、辛い症状を抱えつつ順番待ちをしている患者と自覚症状のない健診者の両者に不満を生じさせ、アメニティーを著しく悪化させる原因となります。
また、ＭＲＳＡ（メチシリン耐性黄色ブドウ球菌）などの耐性菌や、インフルエンザなどの感染性疾患を有する可能性がある患者と健診者が混在することは、感染症が広がってしまう危険を高めることになり好ましくありません。
このため、総合健診施設は病院・診療所とは分離された独立の構造になっているべきと考え、本学会の優良認定では、健診フロアの独立性が重要であるとしています。
