本法人は、国民の疾病予防、健康維持、増進を通じて、一人ひとりにとっての生活の満足度を充足した健康寿命の延伸を図り、総合健診をはじめとする各種の健康診査、健康評価の方法、および健康予測の研究を行い、これらを健康教育に有効に活用して、国民の健康の保持と増進に貢献することを使命とする者が相互に情報交換を行い、かつ交流を深めることを支援することを目的とする。
1.学術大会の開催（年１回）
2.学会雑誌「総合健診」 ISSN 1347-0086
英文名：Health Evaluation and Promotion（略称：HEP）およびその他の刊行物の発行
3.優良総合健診施設の認定
4.人間ドック健診専門医、総合健診指導士、総合健診業務管理士の認定
5.精度管理調査の実施（年４回）
6.各種研修会・講習会の開催
7.健診団体連絡協議会・日本人間ドック学会など関連学会・学術団体への協力
8.日本学術会議の登録学術研究団体としての諸活動
9.統計事業（受診者統計指標などの作成）
10.日野原重明賞・優秀論文賞・若手奨励賞等の表彰事業、学術奨励助成事業
11.国際健診学会の事務局業務
